Chirurgická klinika je akreditovaným centrem pro výuku mladých chirurgů a má významnou roli ve výzkumu na celostátní úrovni. Klinika je rozdělena do několika oddělení: všeobecné chirurgie a onkochirurgie, úrazové chirurgie, cévní chirurgie a plastické chirurgie. Vedle specializované péče se klinika zabývá také péčí odpovídající městské a okresní nemocnici v Hradci Králové. Léčebná péče probíhá ambulantně, na lůžkových odděleních a na jednotkách intenzivní péče (JIP). Operace se provádějí na centrálních operačních sálech, které tvoří samostatné oddělení Fakultní nemocnice.

Ambulantní provoz kliniky poskytuje léčebnou péči podobnou poliklinice, přičemž navazující odborné poradny zajišťují plnohodnotnou léčbu pacientů s různými zdravotními problémy. V rámci všeobecné chirurgie klinika poskytuje komplexní péči o pacienty s onemocněními trávicího traktu, provádí operace jícnu, žaludku, dvanáctníku, tenkého a tlustého střeva, konečníku, jater, žlučníku, žlučových cest a slinivky břišní. Operují se zde rovněž různé typy kýl a také provádějí operace žaludku při obezitě.

Na krku se provádějí operace při poruchách funkce štítné žlázy a nádorových onemocněních štítné žlázy, včetně operací na příštítných tělíscích. Klinika také poskytuje specializovanou péči o pacienty s onemocněními mléčné žlázy, a to jak u mužů, tak u žen.

V oblasti břišní chirurgie klinika provádí operace jak klasickou otevřenou metodou, tak laparoskopicky, což je miniinvazivní metoda. Laparoskopicky se zde běžně operují žlučníkové kameny, tříselné kýly, některé kýly brániční a také se provádějí operace žaludku při obezitě. Rovněž se laparoskopicky odstraňuje apendix při chronickém zánětu a provádějí se některé resekční výkony na játrech a tlustém střevě a konečníku. Tím se klinika řadí mezi špičková pracoviště poskytující nejmodernější chirurgickou péči.