Projekty realizované z finančních prostředků Evropské unie jsou významným hybatelem rozvoje naší fakulty. Z hlediska organizačního upořádání se do vědecko-výzkumné činnosti fakulty promítlo vybudování první budovy kampusu (MEPHARED) a pořízení výzkumné infrastruktury do sdílených laboratoří, tzv. CORE FACILITIES. V budoucnu přispěje k rozvoji výzkumné činnosti LF HK dobudování kampusu v rámci projektu MEPHARED 2, na jehož realizaci se naše fakulta podílí společně s Farmaceutickou fakultou UK v Hradci Králové, a projekty z OP JAK.

Vědecko-výzkumné aktivity jednotlivých pracovišť naší fakulty zahrnují všechny klinické a biomedicínské obory a stejně tak rozmanitá je i naše grantová činnost. Nejvíce externích projektů je získáváno od Agentury pro zdravotnický výzkum ČR, dalším významným poskytovatelem je Grantová agentura ČR. Dále jsou na LF HK řešeny resortní projekty Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy (vč. NPO), projekty Technologické agentury ČR a další.

Fakulta je také zapojena do řešení institucionálních projektů. Nejvýznamnějším zdrojem financování vědy a výzkumu na LF HK je program Cooperatio. Začínající vědci a vědkyně žádají o podporu pro své výzkumné pojekty Grantovou agenturu UK. Podpořit špičkové pracovníky a pracovnice při zakládání a rozvoji nových vědeckých skupin a laboratoří má za cíl soutěž Primus.