Naše fakulta je hrdou součástí Univerzity Karlovy, která nám poskytuje institucionální podporu na vědecko-výzkumné aktivity. Převážnou část státních prostředků na koncepční rozvoj univerzita alokuje na program Cooperatio. Tento program je rozčleněn do 43 vědních oblastí, které zahrnují všechny obory pěstované na UK.

Tradičním způsobem financování vědy na Univerzitě Karlově je interní Grantová agentura UK fungující s postupnými obměnami a úpravami v souladu s platnou legislativou již od roku 1993. Studenti LF HK se každoročně o podporu svých projektů u GA UK uchází.

Soutěž specifického vysokoškolského výzkumu (SVV) je velmi efektivním nástrojem pro podporu výzkumu zejména studentů doktorských studijních programů. Díky této formě podpory z veřejných prostředků je umožněno nejen povzbudit studenty k jejich samostatné vědecké práci, ale zároveň je také velmi přirozeným způsobem vtáhnout hlouběji do odborné činnosti řešitelských týmů. Díky Soutěži SVV se do vědecké činnosti fakulty zapojilo mnoho doktorských studentů.