V souvislosti s událostmi 17. listopadu 1989 studenti naší fakulty věrni smyslu pro svobodu a tradici demokratických zásad ustanovili na fakultě stávkový výbor, zorganizovali celofakultní stávku a pro provedení politických změn snažili se získat i podporu pracovníků závodů Východočeského kraje. Jejich vystoupení vedlo ve svých důsledcích i k uskutečnění personálních změn ve vedení Lékařské fakulty a některých klinik.

V letech 1991-1992 byl udělen rehabilitační doktorát 17 studentům, kteří z politických důvodů byli v minulých letech vyloučeni ze studia.

Lékařská fakulta v akademickém roce 1992/1993 otevřela studium všeobecného a zubního lékařství v anglickém jazyce. Od akademického roku 1992/1993 do konce roku 2019 ukončilo studium všeobecného lékařství 438 zahraničních studentů a 111 zahraničních studentů absolvovalo studium zubního lékařství.

Dne 14. dubna 1992 vědecká rada projednala a schválila ”Řád postgraduálního studia na LF UK v Hradci Králové” opírajícího se o zákon č. 172, § 22 ze dne 4. května 1990 O vysokých školách. V akademickém roce 1992/93 nastoupili první studenti postgraduálního studia. Studium v době od 1. ledna. 1995 do 31. prosince 2019 absolvovalo a titul PhD. obhájilo celkem 404 studentů a studentek, a to jak v teoretických, tak i klinických oborech. Postgraduální doktorské studium bylo možno absolvovat v 18 oborech. Nový zákon o vysokých školách v roce 1998 definitivně uzákonil podrobnosti o doktorském studiu (včetně akreditace studijních oborů) a zrušil udělování hodnosti CSc. Lékařská fakulta ztratila plnou právní subjektivitu získanou v roce 1990 a mnohé pravomoce začala vykonávat přímo Univerzita Karlova.

V roce 1993 bylo otevřeno bakalářské studium ošetřovatelství. V letech 1997-2019 obhájilo titul Bc. 722 uchazečů a uchazeček.

V roce 1995 oslavila Lékařská fakulta 50. výročí svého založení. Při této příležitosti se konala výstava o aktivitách fakulty od doby jejího založení. Vyšla monografie Lékařská fakulta Univerzity Karlovy v Hradci Králové 1945-1995. Prezident republiky Václav Havel zaslal jubilující Lékařské fakultě pozdravný dopis. V jubilejním roce se na počest Lékařské fakulty konalo celkem 33 odborných kongresů, konferencí a sympózií.

Od roku 1996 probíhají pravidelné Vědecké konference LF a FN, na které jsou prezentovány všechny dokončené a řešené výzkumné úkoly řešené v rámci grantových agentur.

Dne 6. května 1996 byla podepsána kupní smlouva mezi městem Hradec Králové, zastoupeným primátorem města Ing. Martinem Dvořákem a Lékařskou fakultou UK v Hradci Králové zastoupenou děkanem doc. MUDr. Karlem Bartákem, CSc., podle níž Lékařská fakulta získala objekt fakulty za symbolickou cenu 1 Kč.

V roce 1998 se fakulta podílela expozicí na výstavě konané u příležitosti 650 výročí založení Univerzity Karlovy.

V roce 2004 se konala jubilejní padesátá studentská vědecká konference.

Dne 6. října 2015 se konalo Slavnostní otevření budovy Výukového a výzkumného centra Univerzity Karlovy v Hradci Králové, kdy byl oficiálně zahájen provoz společného vědeckého a akademického centra LF HK a Farmaceutické fakulty v Hradci Králové.